采用賴氨酸肽鏈內(nèi)切酶，消解樣品，注入柱子進(jìn)行純化，進(jìn)行只針對(duì)多肽的C-末端肽鏈片段的特異性分離提取，繼之采用僅具N-末端測序功能的全自動(dòng)蛋白/多肽序列儀對(duì)多肽測序，實(shí)現(xiàn)C-末端測序的要求。
對(duì)目的蛋白質(zhì)或多肽采用賴氨酸肽鏈內(nèi)切酶消解，將消解產(chǎn)物直接送入DITC柱內(nèi)，分餾儀將自動(dòng)的對(duì)其加熱，將各多肽片段的N-末端的α-氨基酸和賴氨酸(Lys)殘基的ε-氨基酸共價(jià)結(jié)合固定在DITC樹脂上，用三氟乙酸(TFA)將固定住的各片段中的N-末端的肽鏈結(jié)合的α-氨基酸裂解，將釋放出的C-末端片段收集。
收集的C-末端片段，不需要進(jìn)一步純化，即可采用N-末端測序功能的全自動(dòng)蛋白/多肽序列儀對(duì)多肽進(jìn)行測序，實(shí)現(xiàn)C-末端測序的要求。
